第 11 期 许建丰等:基于转录组测序的斑地锦内参基因筛选及验证 2279
和阳桃(Averrhoa carambola)[23]等研究中也存在,
可能是由于软件的算法不同导致内参基因稳定性
排序不同[24]。因此,需要几何平均值算法进行综
合分析得到最适合的内参基因。同时,为了验证
筛选出的内参基因表达稳定性,选取槲皮素生物
合成过程中的关键基因 EmC4H 作为目的基因进
行了验证,结果表明,以综合分析结果最好的
EmGDI1 为内参基因,EmC4H 在斑地锦不同生长
期各组织中的表达差异与转录组测序结果趋势一
致[25],进一步证明 EmGDI1 内参基因的可靠性。
GDI1 是 GDP 解离抑制因子,属于 Rab 蛋白
家族,普遍表达在各种组织中,能与 Rab GTPase
结合在膜上,参与调节囊泡形成、囊泡沿着微管
和微丝运输以及膜融合等多个方面的膜运输过
程。在甘蓝型油菜新开发的内参基因中,GDI1
也是最稳定的内参基因之一[26]。10 个候选内参基
因中,EmUBQ 表达也较稳定,仅次于 EmGDI1,
如果采取内参基因组合,则 EmGDI1 和 EmUBQ
较为合适。但是若试验情况发生了变化,例如研
究光照条件对斑地锦基因表达的影响等,可能需
要重新筛选评估以获得合适的内参基因。
本研究根据课题组前期研究及转录组测序数
据筛选出 10 个候选基因,结合 RT-qPCR 技术及
geNorm、NormFinder 和 BestKeeper 等内参基因
分析软件对各候选基因进行稳定性分析,以槲皮
素生物合成过程中的 EmC4H 基因进一步验证,
确定 EmGDI1 为较适合斑地锦不同生长期不同组
织基因表达模式研究的内参基因,为斑地锦分子
生物学研究提供了便利条件。
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