二、研究成果
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通过 Pathway 显著性富集能确定基因参与的最主要生化代谢途径和信号转
导途径。当校正的 p 值(Qvalue) ≤ 0.05 时,认为 KEGG 通路存在显著富集情况。
如图 3 所示,乙酸+IL-1β 组和 IL-1β 组之间的 KEGG 富集分析显示 11 条显著富
集途径与炎症相关,如细胞因子-细胞因子受体相互作用、NF-κB 信号通路、PI3KAkt 信号通路和 TNF 信号通路等(图 3A)。丙酸+IL-1β 组和 IL-1β 组之间的
KEGG 富集分析显示 13 条显著富集途径与炎症相关,如细胞因子-细胞因子受体
相互作用、PI3K-Akt 信号通路、JAK-STAT 信号通路、MAPK 信号通路、NF-κB
信号通路和 TNF 信号通路等(图 3B)。丁酸+IL-1β 组和 IL-1β 组之间的 KEGG
富集分析显示 14 条显著富集途径与炎症相关,包括细胞因子-细胞因子受体相互
作用、PI3K-Akt 信号通路、NF-κB 信号通路、MAPK 信号通路、JAK-STAT 信号
通路和 Wnt 信号通路等(图 3C)。
图 3 与炎症相关的 KEGG 通路富集图。(A)IL-vs-乙酸+IL-1β 组,(B)
IL-vs-丙酸+IL-1β 组,(C)IL-vs-丁酸+IL-1β 组。
为了验证转录组学结果的可靠性,研究人员通过 qRT PCR 检测丙酸+IL-1β
组和 IL-1β 组之间与炎症相关的 10 个差异表达基因的 mRNA 表达,包括胸腺瘤
病毒原癌基因 1(AKT1)、趋化因子(C-C 基序)配体 2(CCL2)、趋化因子
(C-C 基序)配体 11(CCL11)、核因子 κB 亚基 1(NFKB1)、组蛋白去乙酰
化酶 7(HDAC7)、信号转导和转录激活因子 1(SATA1)、基质金属肽酶 10
(MMP10)、白细胞介素 11(IL11),干扰素诱导的跨膜蛋白 3(IFITM3)和
趋化因子(C-X-C 基序)配体 2(CXCL2)。结果表明,丙酸+IL-1β 组 10 个基
因的 mRNA 水平均低于 IL-1β 组。qRT PCR 结果和转录组学结果的类似趋势表
明转录组学测序数据是可靠的。(图 4)